Nhiều nguyên nhân có thể làm giảm chất lượng của tinh trùng trong đó, rối loạn hoạt động nội tiết trong cơ thể được xem là một bệnh lý mang tính hệ thống. Hoạt động sản xuất tinh trùng phụ thuộc rất lớn vào nội tiết. Bình thường, vùng hạ đồi và tuyến yên (hai cơ quan nằm trên não) sẽ tiết ra hai loại nội tiết là GnRH và FSH/LH. Dưới tác động của các chất này, tinh hoàn (một bộ phận nằm trong bìu) sẽ sản xuất ra testosterone, một chất cần thiết cho việc sản xuất tinh trùng. Bất kỳ một nguyên nhân nào gây rối loạn hoạt động của hệ thống này đều có thể dẫn đến bất thường trong quá trình sinh tinh.

Suy vùng hạ đồi là một trong những nguyên nhân của rối loạn hoạt động nội tiết. Bệnh lý này có thể là bẩm sinh (ngay từ trong giai đoạn bào thai) hay mắc phải. Thường gặp trong hội chứng Kallmann, một bệnh lý có tính di truyền làm vùng hạ đồi hoàn toàn mất chức năng sản xuất GnRH, từ đó, tinh hoàn không tiết ra testosterone và dẫn đến không có tinh trùng. Bên cạnh đó, tăng prolactin máu (một chất do tuyến yên tiết ra) cũng có thể làm ảnh hưởng đến quá trình sinh tinh trùng. Đây là một dạng rối loạn hoạt động nội tiết, trong đó, bệnh nhân nam có thể có chảy sữa, ngực to, giảm ham muốn tình dục và kèm theo hiếm muộn. Nguyên nhân có thể là các bệnh lý thực thể như u tuyến yên, hay sử dụng một số loại thuốc điều trị các bệnh lý mãn tính trong thời gian dài.

Suy tinh hoàn cũng là một bệnh lý nằm trong nhóm rối loạn hoạt động nội tiết. Đây là tình trạng tinh hoàn ngưng không hoạt động sản xuất nội tiết (testosterone) và không tạo tinh trùng. Trong đa số các trường hợp, thăm khám lâm sàng và xét nghiệm nội tiết có thể xác định tình trạng suy tinh hoàn. Bất kỳ nguyên nhân nào phá vỡ các cấu trúc bên trong của tinh hoàn đều có thể gây ra suy tinh hoàn. Một số bệnh lý nhiễm trùng, nhiễm siêu vi, nhất là bệnh quai bị là những nguyên nhân có thể thấy, và hậu quả để lại thường nặng nề hơn khi mắc sau tuổi dậy thì.